Jednostki podporządkowane Rektorowi UJ

• Biuro Rektora
• Biuro Prasowe UJ
• Zespół Radców Prawnych UJ
• Sekcja ds. Audytu Wewnętrznego
• Sekcja Ochrony Informacji Niejawnych i Spraw Obronnych
  1. Zespół ds. Ochrony Informacji Niejawnych z Kancelarią Dokumentów Niejawnych
  2. Zespół ds. Obronnych
• Redakcja miesięcznika Uniwersytetu Jagiellońskiego "Alma Mater"
• Zespół ds. majątku muzealnego Uniwersytetu Jagiellońskiego
• Biuro Pełnomocnika Rektora UJ ds. współpracy w ramach Una Europa
• Biuro Pełnomocnika Rektora UJ ds. projektów strategicznych
• Biuro Rzecznika Praw i Wartości Akademickich
• Biuro Inspektora Ochrony Danych

Jednostki podporządkowane Prorektorowi ds. polityki kadrowej i finansowej

• Biuro Prorektora ds. Polityki Kadrowej i Finansowej
• Centrum Spraw Osobowych
• Dział Zamówień Publicznych

Jednostki podporządkowane Prorektorowi ds. badań naukowych

• Biuro Prorektora ds. Badań Naukowych
• Centrum Wsparcia Nauki

Jednostki podporządkowane Prorektorowi ds. dydaktyki

• Biuro Prorektora ds. Dydaktyki
• Centrum Wsparcia Dydaktyki:
  1. Biuro Centrum Wsparcia Dydaktyki
  2. Dział Rozwoju i Jakości Kształcenia
  3. Biuro Karier
  4. Dział Obsługi Studentów Zagranicznych
  5. Dział Obsługi Studiów
  6. Dział Rekrutacji na Studia
  7. Dział Spraw Studenckich
  8. Sekcja Systemów Rejestracji Kandydatów
  9. Dział Spraw Stypendialnych
• Centrum Informatyki:
  1. Biuro Centrum Informatyki
  2. Dział Infrastruktury Systemów Informatycznych
  3. Dział Usług Informatycznych
  4. Sekcja ds. Portalu Uniwersyteckiego
  5. Dział ds. Systemu Elektronicznego Zarządzania Dokumentacją
• Biuro Projektu Doskonały Uniwersytet

Jednostki podporządkowane Prorektorowi ds. współpracy międzynarodowej

• Biuro Prorektora ds. Współpracy Międzynarodowej
• Dział Współpracy Międzynarodowej
• Biuro Projektu ZintegrUJ
• Biuro Projektu „Odpowiedzialne wsparcie i zrównoważony rozwój”
• Zespoły artystyczne:
  1. Chór Akademicki Uniwersytetu Jagiellońskiego Camerata Jagellonica
  2. Zespół Pieśni i Tańca Uniwersytetu Jagiellońskiego "Słowianki"

Jednostki podporządkowane Prorektorowi ds. rozwoju

• Biuro Prorektora ds. Rozwoju
• Biuro Analiz Instytucjonalnych i Raportowania
• Centrum Dostępności UJ

Jednostki podporządkowane Prorektorowi ds. Collegium Medicum

• Dział Spraw Osobowych CM
• Zespół Radców Prawnych CM
• Inspektorat BHP CM
• Stanowisko ds. Ochrony Przeciwpożarowej CM
• Stanowisko ds. Ochrony Danych Osobowych CM
• Stanowisko ds. Realizacji Inwestycji CM
• Uniwersyteckie Podmioty Lecznicze:
  1. Szpital Uniwersytecki w Krakowie
  2. Uniwersytecki Szpital Dziecięcy w Krakowie
  3. Uniwersytecki Szpital Ortopedyczno-Rehabilitacyjny w Zakopanem
  4. Uniwersytecka Klinika Stomatologiczna w Krakowie
• Jednostki wspólne UJ i CM:
  1. Sekcja Ochrony Informacji Niejawnych i Spraw Obronnych
     1. Zespół ds. Ochrony Informacji Niejawnych z Kancelarią Dokumentów Niejawnych
     2. Zespół ds. Obronnych
  2. Sekcja ds. Audytu Wewnętrznego

Jednostki podporządkowane Pełnomocnikowi Prorektora CM ds. klinicznych

• Dział Kliniczny CM

Jednostki podporządkowane Pełnomocnikowi Prorektora CM ds. kształcenia

• Sekcja ds. Dydaktyki i Karier Akademickich CM

Jednostki podporządkowane Pełnomocnikowi Prorektora CM ds. nauki i współpracy międzynarodowej

• Dział Nauki CM

Jednostki podporządkowane Kanclerzowi UJ

• Biuro Kanclerza
• Dział Organizacji
• Centrum Promocji i Komunikacji UJ
• Pracownicza Kasa Zapomogowo-Pożyczkowa
• Sekcja Straży Rektorskiej
• Stanowisko ds. bezpieczeństwa
• Studencki Ośrodek Wsparcia i Adaptacji
• Dział ds. Bezpieczeństwa i Równego Traktowania – Bezpieczni UJ

Jednostki podporządkowane Zastępcy Kanclerza ds. Ogólnych

• Biuro Zastępcy Kanclerza ds. Ogólnych
• Dział Inwentaryzacji Ciągłej
• Dział Zaopatrzenia
• Inspektorat BHP
• Inspektorat Ochrony Przeciwpożarowej

Jednostki podporządkowane Zastępcy Kanclerza ds. Administrowania Nieruchomościami

• Biuro Zastępcy Kanclerza ds. Administrowania Nieruchomościami
• Dział Administracji Kampusu 600-lecia Odnowienia UJ
• Dział Administrowania Nieruchomościami

Jednostki podporządkowane Zastępcy Kanclerza ds. Techniczno-Inwestycyjnych

• Biuro Zastępcy Kanclerza ds. Techniczno-Inwestycyjnych
• Dział Eksploatacji
• Dział Inwestycji Budowlanych
• Dział Remontów
• Sekcja Telekomunikacyjna
• Dział ds. Obsługi Administracyjno-Finansowej

Jednostki podporządkowane Zastępcy Kanclerza ds. Collegium Medicum

• Dział Organizacji i Promocji CM
• Dział Zamówień Publicznych CM
• Ośrodek Komputerowy CM
• Dział Zaopatrzenia CM
• Dział Zarządzania Majątkiem CM
• Dział Inwestycji, Remontów i Eksploatacji CM

Jednostki podporządkowane Kwestorowi

• Biuro Kwestora
• Stanowisko ds. analiz i sprawozdań finansowych
• Dział Budżetowania, Kontrolingu i Analiz
• Sekcja ds. Podatków

Jednostki podporządkowane Zastępcy Kwestora ds. finansowych

• Dział Finansowy
• Dział Weryfikacji i Kontroli

Jednostki podporządkowane Zastępcy Kwestora ds. rachunkowości

• Dział Ewidencji Majątku
• Dział Księgowości
• Dział Rozliczeń Projektów Krajowych

Jednostki podporządkowane Zastępcy Kwestora ds. Collegium Medicum

• Dział Finansowy i Ewidencji Majątku CM
• Dział Księgowości i Rozliczeń CM

Jednostki podporządkowane Zastępcy Kwestora ds. funduszy strukturalnych i programów międzynarodowych

• Dział Rozliczeń Projektów Zagranicznych
• Dział Rozliczeń Projektów Strukturalnych